Khi Gerard Krefft đặt tên loài này năm 1873, ông cố đặt tên để vinh danh Sir Henry "Harry" Hamilton Johnstone, người đầu tiên báo cáo về loài cá sấu này cho ông. Tuy nhiên, Krefft đặt nhầm tên, và sau nhiều năm loài này được biết đến như C. johnsoni. Các nghiên cứu sau đó của Krefft đặt lại tên chính xác, và nhiều tài liệu hiện nay dùng tên đúng này. Tuy nhiên, cả hai tên này hiện vẫn được dùng song song. Theo luật của Ủy ban Quốc tế về Danh pháp Động vật, ưu tiên tên johnsoni.[4]